Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları

• 7
• 1
• 1

Araştırmacılar(2)

• Altun Çolak, Deniz
• Kuzucu, Mehmet

• ArticleAçık Erişim2024/r/ebyu/19723
  Enhanced Production and Therapeutic Evaluation of TP4 Peptide in Pichia pastoris Against Hepatocellular Carcinoma HUH-7 Cells

  Kuzucu, Mehmet; Karaoğlan, Mert; Kılınç, Seda

  Tilapia piscidin 4 (TP4), a cationic antimicrobial peptide, is recognized for its diverse biological roles, including antibacterial, wound-healing, and anticancer properties. Herein, the codon-optimized sequence of TP4 peptide was expressed using the pPICZαA expression vector containing the AOX1 promoter, a strong and inducible promoter, in the Pichia pastoris KM71H expression system. Recombinant TP4 peptide was purified by Ni-NTA affinity chromatography. After purification, the anticancer activity of TP4 was assessed in HUH-7 hepatocellular carcinoma cells, and the underlying mechanisms were determined. In the present study, it was demonstrated for the first time that recombinant TP4 displayed strong anticancer activity in the human HUH-7 cell line. The TP4 antimicrobial peptide can be used as a competitive candidate for the treatment of cancer cells due to its anticancer effects.

  • 
  İncele
• ArticleAçık Erişim2024/r/ebyu/19659
  Exploring Antioxidant and Genotoxic Activities of Silver Nanoparticles Synthesized from Karaerik Grape Leaves: A Green Approach

  Altun Çolak, Deniz; Bayğu, Gürhan

  Nowadays, plant extract-mediated biosynthesis of nanoparticles has gained prominence as a pivotal research domain. Silver nanoparticles are traditionally synthesized using highly toxic and ecologically hazardous chemical and physical methods. The emerging green synthesis approach offers more eco-friendly alternatives while reducing production costs. Hence, the present study opted for a nature-friendly green synthesis method to produce silver nanoparticles. Silver nanoparticles were characterized using UV-visible spectroscopy (UV-VIS), scanning electron microscopy (SEM), X-ray diffraction (XRD), and Fourier transform infrared spectroscopy (FT-IR). The reaction involved the treatment of AgNO3 (5 mM) with an aqueous extract of Karaerik grape leaf. Subsequently, the potentially toxic, genotoxic, and antioxidant effects of purchased chemically produced silver nanoparticles (AgNP(c)) and silver nanoparticles (AgNP(b)) that we synthesized using the green method were investigated on Drosophila melanogaster transheterozygous larvae. The study employed 72 ± 4 hour-old larvae bearing the recessive flr3 and mwh determinant genes on their third chromosomes. Exposure scenarios included 1 mM Ethyl methanesulfonate (EMS), AgNPs (1.25, 2.5, and 5 mg/mL), and EMS+ AgNPs. Interestingly, the EMS+ AgNPs combination reduced total oxidant status while increasing total antioxidant status significantly compared to EMS alone. To assess genotoxic effects, mutant trichomes resulting from genetic changes in the development of wing imaginal discs were examined. Furthermore, the AgNP synthesized through green synthesis demonstrated antioxidant properties and displayed no genotoxicity. In conclusion, the research highlights the promising potential of green-synthesized silver nanoparticles, which provide an eco-friendly and safe method for various applications.

  • 
  İncele
• ArticleAçık Erişim2023/r/ebyu/20282
  Deinoksantinin HER2 Pozitif Meme Kanserinde Tamoksifenin Antiproliferatif Aktivitesi Üzerindeki Agonistik Etkileri: MDA-MB-453 Üzerine Bir In vitro Çalışma

  Kuzucu, Mehmet; Günay, Nihan

  2020 yılında dünya genelinde 684.996 kadının öldüğü tahmin edilen meme kanserinin patogenezinin iyi anlaşılması, tedavi yöntemlerinin geliştirilmesinde hayati bir rol oynamaktadır. Son yıllarda östrojen reseptörü (ER), progesteron reseptörü (PR), Epidermal Büyüme Faktör reseptörü-2 (HER2) ifade düzeyleri önemli prognostik belirteçler olmuştur. Kombinasyonel terapi yaklaşımı, iki veya daha fazla aktif maddenin veya yöntemin kullanılmasıdır. Bu tedavi yönteminde en önemli kazanç karsinomun aynı anda birden fazla ilaca karşı direnç gösterme olasılığının düşük olması sebebiyle ilaç direnci gelişimini azaltmaktır. Östrojen reseptörü yarışmalı ve steroid olmayan bir bileşik olan Tamoksifen, hormon reseptör pozitif meme kanseri olan hastaları tedavi etmek için yaklaşık 20 yıldır kullanılmaktadır. Deinoksantin, radyasyona dirençli bir bakteri olan Deinococcus radiodurans'ın hücre duvarından saflaştırılan bir ksantofil türevidir. Bu ksantin türevinin bazı kanser türleri üzerinde proapoptotik ve antiproliferatif etkilere sahip olduğu bazı çalışmalarda gösterilmiştir. Çalışma kapsamında Tamoksifen'in deinoksantin ile etkinliğinin artırılması hedeflendi. Tamoksifen ve deinoksantinin MDA-MB-453 meme kanseri hücre hattı üzerindeki sinerjik etkisini araştırmak için ACTB geni referans olarak kullanılarak; BAX, CASP-3, BCL-2 ve HER2 genlerinin ifade seviyeleri RT-qPCR yöntemi ile incelenmiştir. BAX, CASP-3, BCL-2 ve HER2 proteinlerinin miktarları ELISA yöntemi ile belirlenmiş ve RT-qPCR sonuçları ile karşılaştırılmıştır. Tamoksifenin HER2 pozitif meme kanseri hücre hattı üzerindeki antiproliferatif etkisinin deinoksantin kombinasyonu ile arttığı belirlendi.

  • 
  İncele
• ArticleAçık Erişim2022/r/ebyu/20523
  TiO2 Nanoparçacık Kaplı Pamuklu Kumaşın Fotokatalitik ve Antibakteriyel Özelliklerinin İncelenmesi

  Kuzucu, Mehmet; Caglar, Bulent; Güner, Eda Keles; Doğan, Bilge; Özdemir, Agah Oktay

  Bu çalışmada, fotokatalitik ve antibakteriyel özelliklere sahip, TiCl4'ün hidroliziyle sentezlenen farklı miktarlarda TiO2 nanoparçacıklar ile yüzey modifiye edilmiş pamuklu kumaşlar hazırlandı. Hazırlanan bu TiO2 nanoparçacıkları kaplı pamuklu kumaşların fotokatalitik aktiviteleri UVA ışınları altında Kristal Viyolet (KV) boyar maddesinin bozunmasında incelendi. KV’nin, TiO2 nanoparçacıkları kaplı pamuklu kumaşlar üzerindeki fotokatalitik bozunması için en uygun şartlar 0,625 mgL-1 başlangıç KV konsantrasyonu ve 57 mgL-1 TiO2 nanoparçacık yükleme miktarı olarak belirlendi. Bu en uygun şartlar altında, ilgili fotokatalizör varlığında 40 dakika içerisinde UVA ışınları altında KV’nin % 89,31’inin bozunmaya uğradığı tespit edildi ve bozunma reaksiyonunun birinci dereceden kinetiği takip ettiği belirlendi. Reaktif tür deneyleri, hidroksil radikallerinin diğer radikal türlere nispeten daha önemli bir rol oynadığını ortaya çıkardı ve elde edilen bu verilere göre olası bozunma mekanizması önerildi. Ayrıca TiO2 kaplanmış pamuklu kumaşların antibakteriyel aktivitesinin incelenmesi için disk difüzyon metodu kullanıldı. Antibakteriyel aktivite tayininde Gram pozitif bakteri olarak Staphylococcus aureus (ATCC 6538), Gram negatif bakteri olarak Escherichia coli (ATCC 25922) üzerinde denemeler gerçekleştirildi. Disk difüzyon deneyi sonuçlarına göre; 38 ve 57 mgL-1 konsantrasyonlarında TiO2 ile kaplanmış pamuklu kumaşlarda, antibiyotik referansların oluşturduğu inhibisyon zonu çapına kıyasla relatif olarak E. coli’ye karşı sırasıyla % 40,9 ve % 60,2 oranlarında antibakteriyel etki görülmüştür. 

  • 
  • 
  İncele
• ArticleAçık Erişim2021/r/ebyu/20802
  Cloning, Over-Expression, and Purification of β–Carbonic Anhydrasefrom an Extremophilic Bacterium: Deinococcus radiodurans

  Taşkın Kafa, Ayşe Hümeyra; Cihan, Arzu Coleri; Cankaya, Murat; Kuzucu, Mehmet

  In this study, the cloning, purification and initial characterization of carbonic anhydrase (DrCA) enzyme which we consider to be important in the resistance physiology from extremely radioresistant bacteria Deinococcus radiodurans is performed. In addition, the effect of increased gamma irradiation doses on pH-related DrCA enzyme activity was determined. DrCA activity after radiation treatment showed that the activity continuously increased by 6 fold, up to the first 800 Gy, which a decrease in activity was observed thereafter. The maximum $CO_2$ hydration activity for DrCA enzyme was observed at pH 7.0 and 40°C. DrCA enzyme, homo-dimer complex, is slightly thermostable. The activity of DrCA was significantly enhanced by several metal ions, especially $Zn^{2+}$, which resulted in 5-fold increases of $CO_2$ hydration activity. Also sulfonamide showed inhibitory effect on the pure enzyme. The apparent Km and Vmax for $CO_2$ as substrate were 8.4 mM and 637 WAU/mg for DrCA respectively. The $CO_2$ hydration assay demonstrated that the specific activity of purified recombinant enzymes (DrCA) was significantly high.

  İncele
• ArticleAçık Erişim2021/r/ebyu/20766
  Beyaz Çay ile Beslenen Drosophila melanogaster’de Hayatta Kalma Oranı ve Yaşam Süresi

  Ayar, Arif; Altun Çolak, Deniz; Uysal, Handan; Fidan, Mehmet

  Beyaz çay, Camellia sinensis L. Kuntze bitkisinin bazı varyetelerinin tomurcuk ve genç yapraklarından yapılan özel bir çaydır. Bu çalışmada beyaz çayın Drosophila melanogaster’de larval mortalite ve ömür uzunluğu üzerine etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Beyaz çayın ömür uzunluğu üzerine etkisi, D. melanogaster’ in dişi ve erkek populasyonlarında ayrı ayrı çalışılmıştır. Pupadan çıkan aynı yaştaki (1-3 günlük) çiftleşmemiş dişi ve erkek sineklerden, her bir grup için ortalama 100 birey toplanmıştır. Daha sonra, bu bireyler farklı konsantrasyonlarda (0.5; 1.0; 1.5 ve 2.0 mL/100mL besiyeri) beyaz çay ile kontrol grubu olan su ekstrelerini içeren şişelerde 2 saat beslenmişlerdir. Kontrol ve uygulama gruplarının tümünde, sayımlara ve uygulamaya en son birey ölene kadar devam edilmiştir. Çalışmamızın sonucunda, uyguladığımız hiçbir konsantrasyonda kontrol grubuna göre larval mortalite oranlarında herhangi bir azalış gözlenmemiştir. Çalışmanın ikinci aşamasından elde ettiğimiz sonuçlarda ise konsantrasyon artışına paralel olarak ömür uzunluğu oranlarında istatistiksel olarak anlamlı artışlar gözlenmiştir. Bu sonucun beyaz çaydaki antioksidan içeriği ile ilgili olabileceği düşünülmüştür.

  İncele
• ArticleAçık Erişim2020/r/ebyu/21966
  Investigation of The Synergistic Effects of Trastuzumab And Gambogic Acid in Her-2 Positive Breast Cancer Cell Line

  Kuzucu, Mehmet; Cankaya, Murat; Ozgur, Aykut; Çetin, Ahmet

  HER2 positive breast cancer is one of the biggest health problems in the world, causing millions of deaths every year. Drugcombination modeling studies are extensively evaluated in treating many diseases. Pharmacological studies over the lasthalf-century have shown that gambogic acid has potent anti-tumor activity against many types of cancer, including breast cancer.In this study, we examined the synergistic anticancer effect of gambogic acid and trastuzumab in HER2 positive breast cancer cellline (MDA-MB-453). In-vitro synergistic and antiproliferative effects of trastuzumab plus gambogic acid studies were determinedwith XTT method and the combination index (CI) values of the trastuzumab and gambogic acid combination were calculated byCompuSyn software. To determine molecular mechanisms of the trastuzumab and gambogic acid combination in MDA-MB-453cells, the differences of gene and protein expression levels of HER2, caspase-9 and Bax were analyzed with using RT-qPCR andELISA techniques. The combination of 50 μg/ml trastuzumab and 5 μM gambogic acid showed the best synergistic effect at 24h incubation in MDA-MB-453 cells according to the in-vitro cell proliferation, RT-qPCR and ELISA test. Gambogic acid effectson HER2 positive breast cancer cell line shows its potential as natural compound to inhibit breast cancer cell proliferation incombination with trastuzumab.

  • 
  İncele
• ArticleAçık Erişim2019/r/ebyu/22284
  Effect of benidipine on experimental gastric ulcers in rats

  Kuzucu, Mehmet; Suleyman, Bahadir; Mammadov, Renad; Ozcicek, Adalet; Ozcicek, Fatih; Altuner, Durdu; Süleyman, Zeynep

  Peptic ulcer has been reported to increase acid secretion and lead to oxidative stress. Benidipine is an antihypertensive drug with antioxidant properties. This study aims to investigate the effects of benidipine on indomethacin-induced gastric ulcers in rats. Four groups were designed in this study. Gastric ulcer was occurred with indomethacin in the first three groups. These groups were treated with famotidine, benidipine and distilled water respectively 5 minutes before indomethacin administration. The fourth group rats didn’t have gastric ulcer and they received only distilled water. Six hours after drug administration gastric tissue was extracted and macroscopic and biochemical examinations were performed. Damaged areas in the stomach of benidipine and famotidine receiving animal groups were smaller than the indomethacin received animals. Indomethacin elevated the levels of malondialdehyde and myeloperoxidase in the stomach tissue (p<0.0001), and also decreased glutathione, glutathione related enzymes and superoxide dismutase (p<0.0001). Benidipine may be useful in preventing the toxic effect of indomethacin on the stomach.

  • 
  İncele
• ArticleAçık Erişim2018/r/ebyu/22505
  Meyve Sineği Larvalarında SiO2 Nanopartiküllerine Bağlı Toksisitenin Araştırılması

  Çolak, Deniz Altun; Ersöz, Çağla

  Silisyum dioksit (SiO2) nanopartiküllerinin (NP’lerinin) tarım, tekstil, elektronik, kozmetik, boya endüstrisi vetıp gibi hayatımızın pek çok önemli alanında yaygın olarak kullanıldığı bilinmektedir. NP’ler vücuda farklıyollardan girerek değişik doku ve organlarda toksik etkiye neden olmaktadır. Bu çalışmanın amacı, sıkkullanılan NP’ler arasında yer alan SiO2 NP’nin (20- 55 nm) Drosophila melanogaster'in 3. evre larvalarıüzerine olası toksik etkileri değerlendirilmiştir. Bu amaçla, meyve sineği larvalarına 0.1, 1, 5 ve 10 mg/mLkonsantrasyonlarda SiO2 NP’leri uygulanarak farklı saat aralıklarında kontrollü deneyler yapılmıştır. Kontrolve uygulama gruplarına ait değerlerin istatistiksel analizi SPSS (version 15.0) ile yapılmıştır. Çalışmasonucunda elde edilen verilere göre, larvalara uygulanan SiO2 NP’lerinin mortaliteyi tüm konsantrasyonlardakontrole göre arttırdığı, pupa ve ergin birey oluşumunu ise azalttığı belirlenmiştir.

  • 
  İncele
• ArticleAçık Erişim2017/r/ebyu/22698
  Investigation Effects of Some Heart Disorder Drugs on Human Carbonic Anhydrase I

  Kuzucu, Mehmet; Çankaya, Murat; Tuğral Kaplan, Sibel; Çoban, Taha Abdullkadir; Dilek, Esra; Aktaş, Nurdagül

  In the treatment of heart disorders, metoprolol tartrates and digoxin drugs which act by way of blood are used widely. Being vital of using these drug substances, investigation of inhibitory effect on the activities of enzymes in the blood reveals the importance of this work. Aim of this study to investigate effects of metoprolol tartrate and digoxin on human erythrocyte carbonic anhydrase I isoenzyme in vitro conditions. CA-I isoenzyme from human blood has been purified using Sepharose-4B-l-tyrosine-sulfanilamide affinity chromatography method. The enzyme was purified ~116-fold with a yield of 62%. At the end of inhibition studies two substances were showed uncompetitive inhibition. Ki values were determined metoprolol tartrate 5.49±1.86 mM and digoxin 0.0914±0.0062 mM.

  • 
  İncele